肝囊肿有先天的，也有后天的。先天性肝囊肿是由于胚胎时期肝内胆管或淋巴管发育异常造成的；后天性肝囊肿可能是肝脏管道发生退行性改变的结果。
由于形成的原因不同，可以分成①先天性肝囊肿，②创伤性肝囊肿，③炎症性肝囊肿，④肿瘤性肝囊肿，⑤寄生虫性肝囊肿。平常我们见得最多的90％以上的囊肿就是先天性肝囊肿（也叫真性囊肿）。
先天性肝囊肿：由于肝内胆管和淋巴管胚胎时发育障碍，或胎儿期患胆管炎，肝内小胆管闭塞，近端呈囊性扩大及肝内胆管变性，局部增生阻塞而成，多为多发。
创伤性肝囊肿是肝脏外伤后的血肿或组织坏死液化形成的一个囊腔，因为它不是一个真正的囊肿，所以也把它叫做假性囊肿。
炎症性肝囊肿是由胆管发炎或结石梗阻引起的胆管囊状扩张，内容物是胆汁，也叫胆汁潴留性囊肿。
肿瘤性囊肿包括畸胎瘤、囊状淋巴管瘤、囊腺瘤等。
寄生虫性囊肿主要是肝包虫性囊肿，病人在牧区接触犬、羊或直接食入棘球蚴绦虫卵后，虫卵在肠道孵化成幼虫进入血液停留肝脏生长发育成包虫成虫，并在肝脏内形成包虫生活的一个“窝”，这个“窝”就叫肝脏包虫囊肿。

肝囊肿常见的并发症是破裂出血、细菌感染、瘘及穿透，罕见癌变。
囊肿感染
囊肿感染是多囊肝的少见并发症，近期有过腹部手术史肾移植和慢性炎症为其危险因素。表现为发热右上腹痛、血沉加快、血白细胞增多、血清碱性磷酸酶升高，较少有胆红素及谷草转氨酶的升高，绝大多数以大肠杆菌感染为主。CT检查发现囊肿内有气泡形成提示感染。如果近期有囊肿穿刺史或含气的胆管相通但CT上亦显示看到气体囊肿穿刺抽液有利于诊断治疗以囊液引流加抗生素治疗为主
其他并发症
多囊肝可并发肝静流出道阻塞，引发梗阻性黄疸。部分患者伴有先天性纤维化，发病年龄从出生到24岁不等，常伴有脾大及门脉高压表现。

肝囊肿生长缓慢，所以可能长期或终生无症状，其临床表现也随囊肿位置、大小、数目以及有无压迫邻近器官和有无并发症而异。
先天性小肝囊肿常无症状，通常增大至相当大才有症状，包括上腹胀、痛、腹块、肝大，如合并感染则有发热、疼痛等炎症表现。
肝囊肿可以出现肝区疼痛，腹胀，有时囊肿突然增大或继发感染，可以突然发生腹痛加剧，或发烧。有时上腹部可触及包块，有的病人出现腹痛，呕吐，黄疸。肝囊肿加大压迫胃部时，患者可出现不敢正常进食或饱餐；挤压心脏时，可以出现心脏衰竭的症状，如胸闷、呼吸困难、咳嗽、咳痰等。
肝囊发生恶变，引发肝肿瘤时，一般会出现体重减轻、疲倦、贫血、腹痛及肝肿大等症状。一经发现就需积极治疗。

先天性肝囊肿目前尚无有效预防措施；后天性肝囊肿多由外伤，炎症，甚至肿瘤也可以引起，故应积极治疗原发疾病。预防肝囊肿的发生应注意：
1、改变日常饮食的习惯，减少食物中脂肪含量及总热量。无论是乙肝病毒携带者还是乙肝患者，合理平衡膳食始终是贯穿于日常生活中的重要环节，若能重视饮食调养，将有助于提高自身免疫力、改善肝脏功能，“带毒”照样可以延年益寿。
2、酒类饮料：酒类、特别是白酒，对于多囊肝患者来讲宜戒掉，酒类对与肝脏的刺激性尤为重要，会加速囊肿的生长，同时也需要肝脏分解，加重肝脏负担并且损伤肝细胞。
3、油腻辛辣的食物要避免大量食用，防止给肝脏带来额外的损伤。在保证必需的营养基础上，饮食要尽量清淡，更不要吃烧烤油炸类的食品。
4、应注意休息：肝囊肿患者要多注意休息，避免过劳或过累，加重肝脏损伤。

超声检查
肝脏囊肿检查首选B超检查，超声显像最具诊断价值，既便宜简单又准确可靠，可清楚显示典型液性占位。
肝脏CT
CT对肝囊肿的诊断意义很大，可以把整个肝脏显示在CT片上，然后肝脏上所有大大小小的囊肿都可以呈现在CT片上。这种图像的显示比我们平时看到的B超图像要全面、清楚，可以更好地了解肝脏囊肿的情况。
包虫囊液皮内试验
肝脏包虫性囊肿可以做包虫囊液皮内试验（Casoni试验），但禁止做诊断性穿刺，以免引起过敏性休克和包虫腹腔扩散

肝囊肿病人在饮食上应注意：
一、患上肝囊肿多吃可提高免疫力的食物。如山药、乌龟、香菇、猕猴桃、无花果、苹果、沙丁鱼、蜂蜜、牛奶、猪肝等。
二、肝囊肿患者应多抗癌，抗肿瘤，增强免疫力的食物，补充足量的蛋白质。其中硒、铁含量丰富的菠菜，海类食品，鸡蛋等可以适当多食，具有较好的抗癌防癌功效。每天应保证摄入足够的蛋白质，豆制品、牛奶、瘦肉中蛋白质含量丰富。山药、香菇、蜂蜜、猪肝，新鲜水果中的猕猴桃、苹果、葡萄等可提供机体所需的维生素及矿物质，增强机体免疫力。调料品中的大蒜具备很好的抗癌，防癌，助消化作用可适当食用。
三、患上肝囊肿多吃富含维生素的食物。如新鲜的水果、蔬菜等，这样不仅可以为机体提供所需的营养，而且还可起到辅助抗肿瘤、抗癌的作用，防止肝囊肿癌变。
四、肝囊肿的患者还要注意饮食要偏向清淡，不要食用辛辣刺激、油炸、烟熏性食物，发酵性食物。严禁烟酒，避免加速囊肿生长。

肝囊肿既不会影响肝功能，也不会发展为肝癌，凡无明显症状或肝功能受损者可不予治疗，只要定期复查即可。
如果肝囊肿体积较大，临床症状明显，且患者对症状不能耐受，或已影响肝功能，则可手术治疗。通常采取部分囊壁切除术，或称“开窗术”，凡囊液清而无胆汁者均可切除浅表部囊壁而保留肝实质内的囊壁，使囊液引流至腹腔并由腹膜吸收；多囊肝亦可如法处理。与胆管相通者应设法封闭囊内的胆管开口，不得已时可作内引流术。伴感染者可作引流，导管吸引。也可应用经皮穿刺抽出囊液后注入无水酒精以消灭囊壁内皮的方法治疗。在超声波的引导下，将一根细细的针插入囊肿，用细针将囊肿内的液体抽出来，然后再注入纯酒精，使肝囊肿硬化闭塞。
对于孤立性肝囊肿除非发生囊肿破裂、囊蒂扭转或囊内出血等并发症，进行紧急手术治疗外，择期手术需要根据囊肿的大小、部位和病人的全身情况和自觉症状而定。手术治疗，将囊肿连同囊肿的膜一起摘除，可解决病人的疼痛。
多囊肝通常应采取非手术治疗，由于其病变累及整个肝脏，除非采用肝移植，否则不能根治本病。多囊肝一旦由于肝肿大压迫胸腹部影响呼吸循环时，需考虑手术减轻压力。
大的肝囊肿有症状出现者最好施行手术治疗，因为穿刺抽液等保守疗法一般容易复发，并且带来细菌污染可能。然而，可根据具体条件用以下手术方法：
1.肝切除术；
2.囊肿切除术；
3.囊肿开窗术或囊肿大部切除术；
4.囊肿内引流术；
5.囊肿穿刺抽液及硬化术。
多囊肝的手术：除非病变局限于肝的一叶，且伴有症状；或疑有恶变者，一般多不主张手术治疗。多囊肝当发现其中个别囊肿增大迅速，压迫邻近脏器，严重影响病人日常生活或心肺功能时，可以对较大的囊肿进行反复穿刺抽液。如果病人全身情况良好，肝功正常，也可作开窗术，以减轻压力，缓解症状，促使肝细胞再生。有条件者可进行肝移植，以彻底根治本病。
多囊肝合并多囊肾的治疗：多囊肝的治疗参照以上方案。多囊肾没有症状时，可观察并定期复查肾功能。若出现症状(如腰痛、血尿、高血压、肾功能衰竭等)，则需要手术治疗，包括穿刺或切开囊肿，降低囊肿压力，有时可以延缓病变的进展和肾功能衰竭，必要时进行透析疗法。根治的方法需要肾移植。
创伤性肝囊肿如果没有感染或胆汁潴留，可以自行吸收。否则需要做穿刺引流或手术引流。炎症性肝囊肿需要手术治疗原发病如胆管结石、胆道狭窄等。肿瘤性肝囊肿常常需要手术进行切除。肝包虫性囊肿需要手术治疗。先天性肝囊肿绝大部分都不需要处理，只需要定期观察。一部分生长较快、囊肿较大、伴发感染、出现症状者需要处理。